В целях совершенствования надзора за исполнением законов на железнодорожном, воздушном и водном транспорте, в таможенных органах, а также обеспечения единства правоприменительной практики в указанной сфере, во исполнение приказа Генерального прокурора Российской Федерации "О распространении полномочий Северо-Западной транспортной прокуратуры на территорию Калининградской области" с 1 июля 2008 года из состава прокуратуры Калининградской области исключается и передаётся в состав Северо-Западной транспортной прокуратуры с сохранением полномочий Калининградская транспортная прокуратура.
Также с 1 июля 2008 года ликвидируется Балтийская транспортная прокуратура и отдел по надзору за исполнением налогового и таможенного законодательства прокуратуры Калининградской области. С 1 июля 2008 года в прокуратуре Калининградской области устанавливается должность старшего помощника прокурора области по надзору за исполнением налогового законодательства.