Официальная дата рождения УФСБ по Калининградской области 13 сентября 1946. Именно в этот день был подписан приказ об образовании УМГБ по Калининградской области.
Кадровой и материальной базой для него послужила оперативная группа МГБ СССР по Кенигсбергской области, которая в свою очередь ведет историю от структур аппарата уполномоченного НКВД-НГКБ СССР по Восточной Пруссии. Истоки зарождения управления уходят своими корнями, также, к управлению контрразведки "Смерш" 3-го Белорусского фронта и управлениям НКГБ центральных регионов СССР. Им предписывалось оказывать всемерную помощь и содействие командованию и войскам фронта в выполнении на территории Восточной Пруссии как контрразведывательных, так и разнообразных правоохранительных задач, вытекающих из решений глав правительств союзных государств о конечной цели войны с фашистской Германией.
В управлении аппарата уполномоченного НКВД СССР по Восточной Пруссии действовали оперативные, следственные и вспомогательные подразделения. Место дислокации до падения Кенигсберга город Гумбиннен (ныне Гусев). Их основными задачами являлось обеспечение безопасности стратегически важных объектов и учреждений тыла действующей армии и, в первую очередь, 3-го Белорусского фронта. Добыча информации о положении дел в тылу противника. Розыск и задержание военнослужащих и чиновников фашистской Германии, виновных в совершении преступлений против человечности, а также сотрудников и негласных агентов немецких карательных и разведывательных органов. Борьба со специально оставленными фашистами во фронтовом тылу Красной Армии диверсионно-террористическими подразделениями, а также с промышляющими вооруженным бандитизмом группами. Участие в осуществлении процедуры спецпроверки и быстрейшей отправки на Родину советских людей из числа бывших военнопленных и насильно вывезенных в годы оккупации на каторжные работы в Германию людей.
В заслугах сотрудников оперативной группы МГБ по Кенигсбергской области немало громких операций. Это выявление и обезвреживание резиндентуры гестапо, прекращение деятельности антисоветской шпионской организации "Контрольно-наблюдательная служба по Восточной Пруссии". Кроме того, через агентурный аппарат выявлен и обезврежен целый ряд антисоветских групп. Одна из самых опасных в силу своей ярко выраженной диверсионно-террористической направленности была группа 3. Бухгольца, состоявшая из активных членов фашистских молодежных организаций "Юнгофольк" и "Гитлерюнгенд".