Несмотря на отсутствие в открытом письме конкретных фактов, подлежащих проверке, прокуратурой совместно с уполномоченным по правам человека в Калининградской области Ириной Вершининой, представителем уполномоченного по правам человека в Калининградской области Владимиром Хомичем и помощником начальника УФСИН России по Калининградской области по соблюдению прав человека Натальей Пахомовой были произведены целевые проверки исправительных колоний №7, 8, 9, 13, с целью выявления случаев нарушений прав осуждённых в указанных колониях.
В ходе проверок с осуждёнными, находящимися в исправительных колониях, проведены беседы и получены их письменные объяснения. Фактов оказания психического давления на них или применения недозволенных мер воздействия, в том числе физического насилия, со стороны представителей администрации колонии ни в одной из проверяемых колоний не установлено. Во всех проверяемых учреждениях произведены обходы камер штрафного изолятора, помещений камерного типа и единых помещений камерного типа и проведены беседы с содержащимися там осуждёнными. Жалоб, заявлений и ходатайств от них не поступило.
В результате этих проверок комиссия пришла к однозначному выводу, что условия содержания осуждённых, а также воспитательная работа, проводимая с ними в ИК- 7, 8, 9 и 13, соответствуют требованиям уголовно-исполнительного законодательства РФ. Кроме того, в рамках проводимой проверки проанализированы обстоятельства самоубийств осуждённых в местах лишения свободы в 2007 году, которые заявители напрямую связывают с жестоким и бесчеловечным отношением к ним со стороны сотрудников колоний. Так, в 2007 году в местах лишения свободы имели место шесть случаев суицида, из них два в ИК-9, один в ЛИУ-5 и три в ИК-8. По каждому случаю смерти осуждённых прокуратурой проводились тщательные доследственные проверки в порядке ст.ст. 144-145 УПК РФ. Выяснялись причины и мотивы, побудившие осуждённых к совершению суицида.
В ходе проведённых проверок данных о том, что причиной смерти осуждённых явились какие-либо противозаконные действия администрации, не имеется. Все случаи суицида носят бытовой характер (конфликтные ситуации в семье, размолвки с родственниками, сожительницами, наряду с личными проблемами). Насильственный характер причинения смерти также исключён. Кроме того, в ряде случаев, осуждённые администрацией характеризовались положительно, являлись активными членами самодеятельных организаций и оказывали ей содействие в поддержании дисциплины и порядка. В 2008 году случаев суицида среди отбывающих наказание в исправительных колониях не было.