На строительно-монтажные работы по обновлению здания Южного вокзала Калининграда и вокзалов пограничных станций Нестеров, Мамоново Калининградской железной дороги в 2007 году потрачено 29 млн рублей. Как передаёт пресс-служба КЖД, в течение прошлого года была отремонтирована кровля вокзалов, капитально обновлены комнаты длительного отдыха пассажиров, дежурного помощника и начальника вокзалов, справочной. Кроме того, в 2007 году полностью реконструирована система отопления на Южном вокзале – теперь в здании температурный режим поддерживается в заданных параметрах, что позволяет существенно экономить топливо.
В настоящее время на Южном вокзале Калининграда полным ходом идут работы по капитальному ремонту ресторанного комплекса площадью более 500 кв. м. Ввод его в эксплуатацию запланирован на 2008 год.